Как вы удаляете неотслеживаемые untracked-файлы из вашего локального дерева проекта
Для того, чтоб удалить untracked файл можно воспользоваться командой git clean.
Сначала следует выполнить git clean -n, это покажет файлы, подлежащие удалению. Затем выполнить само удаление командой git clean -f.
Чтобы удалять директории - glt clean -fd
Чтобы удалять файлы, которые лежат в .gitignore - git clean -fX
