Я случайно добавил файл в коммит командой git add myfile.txt
Вы можете отменить git add до коммита при помощи команды:
git reset <file>
которая удалит file из индекса.
Также вы можете воспользоваться командой
git reset
чтобы удалить вообще все изменения, которые сейчас находятся в индексе